Η Ανάφη μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους το 1204, ακολούθησε τη μοίρα των άλλων Κυκλάδων. Τα νησιά αυτά δόθηκαν στη Βενετία και εκείνη επέτρεψε σε Βενετσιάνους πολίτες να τα καταλάβουν. Ο Βενετός Μάρκο Α'Σανούδο μαζί με άλλους ευγενείς κυρίεψε 17 Κυκλαδονήσια. Τη Νάξο, Πάρο, Αντίπαρο,Κίμωλο, Μήλο, Αμοργό, Ιο, Κύθνο, Σίκινο, Σίφνο, Σύρο, Άνδρο, Ανάφη, Σαντορίνη, Αστυπάλαια, Τήνο και Μύκονο. Έκανε πρωτεύουσα του τη Νάξο και έτσι δημιουργήθηκε το Δουκάτο της Νάξου ή Δουκάτο του Αρχιπελάγους και ο Σανούδο έγινε ο πρώτος Δούκας του, το 1207. Την Ανάφη την παραχώρησε στον επίσης Βενετσιάνο Λεονάρντο Φώσκολο, που έγινε φόρου υποτελής του.
Με την επανακατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Βυζαντινούς αυτοκράτορες το 1262, κάποια απο τα νησιά ξανακατακτήθηκαν από τον Βυζαντινό ναύαρχο Φιλανθρωπηνό. Ανάμεσα σε αυτά ήταν και η Ανάφη που ξαναέγινε Βυζαντινή για λίγο καιρό όμως. Η οικογένεια των Φώσκολι διώχτηκε από το νησί απο τον Τζοβάννιντέλλο Κάβο που αυτοαποκαλούνταν βασιλικός ναύαρχος. Η πειρατεία ανθούσε αυτά τα χρόνια και το νησί έγινε και αυτό κρησφύγετο πειρατών. Η Ανάφη έμεινε σε ελληνικά χέρια μέχρι το 1307.
Τότε ο Γιαννούλης Γκοζαντίνι, μέλος οικογένειας από τη Μπολώνια της Ιταλίας, κατέλαβε την Ανάφη που στη βενετσιάνικη γλώσσα λεγόταν Namfio και αυτοανακηρύχτηκε ανεξάρτητος ηγεμόνας. Εν τω μεταξύ ο Τούρκικος στόλος άρχισε να εμφανίζεται στο Αιγαίο και να προκαλεί καταστροφές στα νησιά. Η Ανάφη τελικά ξαναπέρασε στα χέρια του Δούκα της Νάξου, Τζοβάννι Β' Κρίσπο που την έδωσε σαν τιμάριο στο συγγενή του, Γουλιέλμο Β' Κρίσπο, ο οποίος έχτισε και το κάστρο του νησιού. Ειρηνικά χρόνια κύλησαν για το νησί μέχρι το 1522 όταν εμφανίστηκε στη θάλασσα ο Τούρκος πειρατής Κούρτογλου που λεηλάτησε όλες τις Κυκλάδες και αργότερα ο διάσημος Χαριεντίν Μπαρμπαρόσσα ως ναύαρχος του Τουρκικού στόλου και κατέλαβε τα νησιά το ένα πίσω από το άλλο.
Η βενετσιάνικη οικογένεια των Πιζάνι ξαναπήρε την Ανάφη το 1528, παρόλο που τους απέτρεψε ο βενετσιάνος Βάϊλος της Κωνσταντινούπολης λέγοντας του ότι το νησί ήταν πια ακατοίκητο και δεν έμενε τίποτα εκεί παρά ο άδειος βράχος. Την κράτησαν όμως για λίγο και η Ανάφη, όπως και οι υπόλοιπες Κυκλάδες προσαρτήθηκαν στην Τουρκική αυτοκρατορία μέχρι την επανάσταση του 1821
Άρχοντες της Ανάφης
- 1207 - 1252: Λεονάρντο Φώσκολο
- 1252 - 1278: Αντρέα Φώσκολο
- 1278- 1296: Τζοβάνι Φώσκολο
- 1296 - 1307: Τζοβάνι ντέλλο Κάβο
- 1307- 1397: Οίκος των Γκοζαντίνι
- 1397- 1528: Οίκος των Κρίσπι
- 1528- 1537: Πιζάνι
- 1537- 1832: Τουρκοκρατία
Σημαντική είναι η μελέτη της διαθήκης του Μανώλη Τορνά ,κυβερνήτη της Νήσου Ανάφης το 1520, απο τον κ. Νικόλα Βερνίκο καθηγητή του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Την μελέτη μπορείτε να την δείτε εδώ.
Νεότεροι χρόνοι
Την κατάκτηση της Ανάφης από τους Τούρκους, ακολούθησε η βίαιη μεταφορά πολλών από τους κατοίκους της στη Μικρά Ασία. Κατά την Επανάσταση του 1821, οι Αναφιώτες συμμετείχαν ενεργά. Έτσι, η Θήρα, η Αστυπάλαια και η Ανάφη σχημάτισαν ιδιαίτερη επαρχία των νοτίων Κυκλάδων. Η Ανάφη ενσωματώθηκε επίσημα στο ελεύθερο Ελληνικό κράτος με το Πρωτόκολλο του Λονδίνου (18 Αυγούστου 1832).